Σύντομα

Διαχωρισμός θραυσμάτων ϋΝΑ: Ηλεκτροφόρηση πηκτώματος


Όπως είδαμε στο προηγούμενο σημείο, τα θραύσματα DNA που σχηματίζονται με τη δράση των περιοριστικών ενζύμων έχουν διαφορετικά μεγέθη. Η ευρέως χρησιμοποιούμενη τεχνική διαχωρισμού θραυσμάτων DNA είναι η ηλεκτροφόρηση μέσω πηκτωμάτων αγαρόζης.

Η αγαρόζη είναι ένας πολυσακχαρίτης (όπως το άγαρ και η πηκτίνη) που διαλύεται σε βραστό νερό και στη συνέχεια πηκτωμάτων όταν ψύχεται όπως η ζελατίνη. Για την πραγματοποίηση ηλεκτροφόρησης, παρασκευάζεται γέλη αγαρόζης, το ϋΝΑ εισάγεται σε μικρά φρεάτια πήγματος και στη συνέχεια εφαρμόζεται ηλεκτρικό ρεύμα διαμέσου του πηκτώματος. Ως Το DNA είναι αρνητικά φορτισμένο, προσελκύεται από το θετικό ηλεκτρόδιο. Ωστόσο, για να φθάσει το θετικό ηλεκτρόδιο, το DNA πρέπει να μεταναστεύσει μέσω της γέλης αγαρόζης.

Μικρότερα θραύσματα ϋΝΑ μπορούν να μεταναστεύσουν μέσω γέλης αγαρόζης ταχύτερα από τα μεγαλύτερα θραύσματα ϋΝΑ. Ο ρυθμός μετανάστευσης των γραμμικών θραυσμάτων DNA μέσω της αγαρόζης είναι αντιστρόφως ανάλογος προς το log10 των μοριακών τους βαρών.

Μπορείτε να υπολογίσετε το ακριβές μέγεθος ενός δεδομένου θραύσματος βάσει του λόγου μετανάστευσής του. Μετά από ηλεκτροφόρηση σε πήκτωμα, τα θραύσματα ϋΝΑ συνήθως κηλιδώνονται με βρωμιούχο αιθίδιο, το οποίο έχει συγγένεια με το DNA και φθορίζει (γίνεται ορατό) έντονα σε επαφή με το υπεριώδες φως. Με αυτόν τον τρόπο μπορείτε να εντοπίσετε τις ζώνες που αντιστοιχούν στο DNA. Τα θραύσματα ϋΝΑ μπορούν στη συνέχεια να απομονωθούν και να καθαριστούν από γέλες αγαρόζης.

Τι τώρα; Τι κάνετε με αυτά τα θραύσματα DNA;